Alat-alat DPR antara lain terdiri daripada: Pimpinan, Suruhanjaya, Badan Musyawarah, Badan Perundangan, Badan Urusan Rumah Tangga, Badan Kerjasama Antara Parlimen, dan Jawatankuasa Anggaran.

Pimpinan DPR

Kedudukan Pimpinan dalam DPR biasa dikatakan merupakan jurucakap Parlimen. Peranan utamanya umumnya adalah untuk mewakili DPR secara simbolik dalam hubungannya dengan lembaga eksekutif, lembaga-lembaga tinggi negara yang lain, dan lembaga-lembaga antarabangsa, serta memimpin pentadbiran lembaga secara umum, termasuk memimpin sidang pleno dan hukuman atau pemulihan.

Pimpinan DPR bersifat kolektif, dan terdiri daripada seorang ketua dan sehingga empat orang timbalan ketua yang mencerminkan parti-parti terbesar. Pimpinan DPR dipilih daripada dan oleh para anggota.

Suruhanjaya

Suruhanjaya ialah unit kerja utama dalam Dewan Perwakilan Rakyat (DPR). Hampir seluruh kegiatan yang berkaitan dengan peranan DPR dikerjakan dalam Suruhanjaya. Setiap anggota DPR (kecuali pimpinan) harus menjadi anggota kepada salah satu suruhanjaya. Pada umumnya, penyertaan Suruhanjaya amat berkait dengan latar belakang keilmuan atau penguasaan anggota terhadap masalah dan isi pokok yang ditangani oleh Suruhanjaya.

Pada saat ini, DPR mempunyai 11 buah Suruhanjaya, dengan ruang lingkup tugas dan pasukan kerja masing-masing:

Senarai speaker

Badan Musyawarah

Badan Musyawarah (Bamus) merupakan versi Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) yang kecil. Sebahagian besar keputusan DPR yang penting dibincangkan terlebih dahulu oleh Bamus sebelum dibahaskan dalam Sidang Pleno yang merupakan forum DPR yang tertinggi yang boleh mengubah sebarang keputusan Bamus. Bamus antara lain ditugasi untuk menetapkan acara DPR, termasuk juga menetapkan tempoh penyelesaian sesuatu masalah atau rang undang-undang.

Bamus dibentuk oleh DPR melalui Sidang Pleno pada masa pembentukan keanggotaan DPR. Anggota Bamus berjumlah sebanyak-banyaknya 10% daripada anggota DPR, berdasarkan pertimbangan jumlah anggota bagi setiap parti komponennya. Pimpinan Bamus diketuai oleh Ketua DPR.

Jawatankuasa Anggaran

Tugas utama Jawatankuasa Belanjawan DPR adalah untuk melakukan pembahasan Belanjawan Negara. Susunan keanggotaan jawatankuasa tersebut ditetapkan pada masa pembentukan keanggotaan DPR. Susunan keanggotaan Jawatankuasa Belanjawan terdiri daripada anggota-anggota Suruhanjaya dengan mempertimbangkan jumlah anggota setiap parti komponennya.

Ketua Jawatankuasa Belanjawan pada saat ini ialah Kahar Muzakir daripada Parti Golongan Karya.

Mahkamah Kehormatan DPR

Mahkamah Kehormatan DPR (MKD) merupakan alat yang paling muda pada saat ini dalam DPR, serta juga salah satu alat yang bersifat sementara. Pembentukan BK dalam DPR merupakan gerak balas terhadap anggota-anggota dewan yang buruk, misalnya kehadiran yang kurang serta konflik kepentingan.

MKD meneliti dan memeriksa dugaan pelanggaran yang dilakukan oleh anggota-anggota DPR dan memberikan saranan kepada Pimpinan DPR sebagai bahan pertimbangan untuk menghukum atau memulihkan anggota-anggota yang terlibat. Sidang-sidang MK merupakan sidang tertutup, namun dalam keadaan tertentu boleh bersifat terbuka, dan tugasnya dianggap selesai selepas menyampaikan saranannya kepada Pimpinan DPR.

Badan Perundangan DPR

Badan Perundangan (Baleg) merupakan alat DPR yang wujud selepas Pindaan Pertama Perlembagaan 1945, dan dibentuk pada tahun 2000. Tugas utama Baleg, antara lain, termasuk merancang dan menyusun rancangan serta urutan keutamaan pembahasan rang undang-undang untuk tempoh keanggotaan DPR dan setiap tahun belanjawannya. Baleg juga menilai dan menyempurnakan tata tertib DPR serta kod etika anggota DPR.

Badan Perundangan dibentuk oleh DPR dalam Sidang Pleno. Susunan keanggotaannya ditetapkan pada masa pembentukan keanggotaan DPR, berdasarkan pertimbangan jumlah anggota setiap parti komponennya.

Keanggotaan Badan Perundangan tidak boleh dirangkap dengan keanggotaan Pimpinan Suruhanjaya, Badan Urusan Rumah Tangga (BURT), atau Badan Kerjasama Antara Parlimen (BKSAP).

Ketua Badan Perundangan DPR pada saat ini ialah Supratman Andi Agtas, S.H., M.H. daripada Parti Gerakan Indonesia Raya.

Badan Urusan Rumah Tangga

Badan Urusan Rumah Tangga (BURT) DPR ditugasi untuk menentukan dasar-dasar kerumahtanggaan DPR. Salah satu tugasnya berkaitan dengan kewangan dan pentadbiran anggota dewan adalah untuk membantu pimpinan DPR dalam menentukan dasar-dasar kerumahtanggaan DPR, termasuk kesejahteraan anggota dan pegawai Sekretariat DPR, berdasarkan keputusan sidang Badan Musyawarah.

Ketua BURT pada saat ini ialah Roem Kono daripada Parti Golkar.

Badan Kerjasama Antara Parlimen

Badan Kerjasama Antara Parlimen menjalin hubungan dan kerjasama dengan parlimen-parlimen negara yang lain. Ketua Badan Kerjasama Antara Parlimen pada saat ini ialah Dr. Nurhayati Ali Assegaf, M.Si., M.P. daripada Parti Demokrat.